A história de Jaguariúna remonta aos tempos do antigo Caminho dos Goyazes, quando por ali passaram bandeirantes, tropeiros e boiadeiros que em busca de ouro, pouco a pouco, transformaram os pousos em vilas e cidades. No século XIX, o Coronel Amâncio Bueno, que herdara grandes extensões de terra à margem esquerda do Rio Jaguary, começa a gestar a urbanização do local. De olho no futuro, transforma parte das terras em colônias para abrigar imigrantes europeus, que substituíram os braços escravos, e constrói a Vila Bueno, que daria origem à Jaguariúna.
O transporte sobre trilhos significou para muitas cidades a modernização puxada pelas locomotivas a vapor. Assim, em 1875, a Cia Mogiana de Estradas de Ferro foi instalada na Vila Bueno, com a construção do ramal Campinas Mogi inaugurado pelo imperador D. Pedro II. Em 1894, o visionário Coronel Amâncio Bueno encomenda a primeira planta da cidade e no mesmo ano, a Vila ganha status de bairro do município de Mogi-Mirim. Batizada de Distrito de Paz de Jaguary deve sua origem às fazendas Jaguari. Em 30 de dezembro de 1953, Jaguariúna é elevada à categoria de cidade.